華校受促改制，董事會與蔴坡華社站穩立場，堅決不接受改制。成為獨立中學首十年，廣徵月捐特捐，課程緊縮，教師減薪，共渡時艱，開源節流。面對文憑及出路處處受打壓，學生人數銳減。逆境中興建大禮堂體育館。首批南洋大學畢業生投入杏壇，成為華教生力軍。國內外政治局勢日益複雜緊張，董事辦校臨淵履薄；學生亦受感染，青春熱血發酵，釀成本校史上最大危機。

1960年

1月，原聘賀師俊因故卻聘，改聘林鴻圖任校長，學生人數逆勢攀升達1813人。聘首屆南大畢業生多名，充實師資。

2月，董事會議決接納林鴻圖建議籌建大體堂體育館。推動“中化精神禮券”。

5 月，聘劉廷凱教授措劃開設商科事宜。馬來亞聯合邦獨立督學團蒞校進行為期4天視察。

7月1日，創校四十八周年紀念因校慶日（4月1日）落在學校假期中，因而改在7月1日慶祝，中小學在中化草場舉行聯合運動會。

三座沙地籃球場改建為洋灰籃球場。

1961年

5月24日，向坡眾發出〈為華文教育改制問題徵求各界人士及贊助人意見書〉說明《拉曼達立報告書》中有關華文中學改制要點，同時附上表格讓贊助人表達意見。

7月2日，董事會在四維堂召開贊助人及學生家長大會，逾500百人出席。大會主席余鑑發表演說吁不接受改制。公布贊助人意見調查結果：回收704張中贊成接受改制者10張，贊成成為獨立中學者691張。大會在群情激昂中通過不接受改制。

10月2日，董事會發〈為徵求中化中學月捐特捐告蔴華各界人士書〉，徵求各界捐輸。

1962年

1月，成為獨中，鄭泰陽掌校。小學改為國民型學校。

中小學聯合慶祝創校五十周年紀念活動：

　＊遊藝會。6月30日及7月1日。地點：新華世界同樂戲院。

　＊紀念大會暨學生作業成績展覽會。7月1日及2日。教育局長甘武剪綵。

　　地點：中化一小雨蓋草場、九思樓、丹絨校舍科學實驗室及美術室。

1963年

1月，鄭泰陽校長兼教務主任。

3月15日，出版《中化半世紀》，主編陳振亞。16日，中化中小學董事會組織非營利有限公司獲得工商部批準。

4月6日，教育部長阿都哈密蒞校參訪。

7月1日，在中化一小雨蓋草場舉行五一周年紀念儀式，同時在四維堂辦學生藝術攝影展。

1964年

1月，鄭泰陽校長兼教務主任及訓育主任三職於一身。11日，中化校友在四維堂舉行“舊雨”校友會籌備會。

3月，國文教師Nasir Hj Bakar在未知會校方下代表社陣競選麻屬柔叻州議員。

12月，招標粉刷校舍。

1965年

高中畢業班部分數理科課本採中英文兼用，引發學生疑慮。

7月，配合國語推動委員會舉辦國語月。

9月，董事會對麻坡新聞部華文組在郊區廣播宣傳政府政策時指“中化學生無出，無出路。文憑是一張廢紙”做出反駁。25日，董事會發啟事廣徵非營利有限公司會員。

1966年

1月，建校委員會議決重啟興建大禮堂體育館計劃。

6月1日，建委會發布〈麻坡中化獨立中學籌建大禮堂及體育館募捐宣言〉。舉辦班級“建築大禮堂及體育館獻金比賽”。7月1日舉行創校紀念大會，並恭請麻縣縣長因仄摩哈默沙益頒發禮堂獻金競賽獎項。

7月，慶祝創校五十四周年舉行“建校周”，6月30日至7月7日舉行遊藝義演籌募興建大禮堂體育館基金。演出安排如下：

   6月30日-麻坡業餘儒樂社

   7月1及2日：中化六校遊藝會、廣肇會館、覺僑劇社

    7月6及7日：新敦鳳劇團

獲李氏基金概允捐助三分之一建築費。

8月，聖約翰救傷隊成立。

11月，大禮堂體育館工程招標，福源盛建築行以18萬9百33元得標。由校友鄭天庭設計繪測師設計。

12月2日，軍樂隊隊成立。

1967年

1月2日，舉行大禮堂體育館動土禮，由余金鑑主持。

3月，柔董教聯合會組團參訪芙蓉中華後在本校召開會議，咸認應提高學生國、英文水平。16日，董事會議決為提高學生程度及參加公共及政府考試，學校應設下午補習自習班，另，檢討各科教科書之應用。

6月15日，3名學生因涉嫌在Jalan Salleh分發傳單被警方扣留。

7月1日，創校五十五周年紀念，中小學六校在新禮堂舉行大會，中學科學實驗室、美術室及圖書館開放參觀；軍樂隊及童軍團在操場表演及露營。2日，舉行新禮堂落成董教聯歡晚宴，將禮堂定名為光前堂。

8月2日，董事會緊急會議開除3名被警方扣留的學生，同時要求校方對學生嚴加關注與指導。17日，董事會議決，由翌年起，成績優越班級數理試行采用英文課本，程度較弱班級依舊沿用華文課本。

學生在校內分發傳單，攻擊學校措施。

10月4日，舉行大禮堂體育館光前堂開幕典禮，恭請柔佛拉惹慕達東姑馬末依斯干達代表柔蘇丹主持。拉惹慕達致訓詞後，將一串繫“中化萬歲”布條的汽球釋放升空。同日舉行學生成績展覽會，由李孝友剪綵。5及6日，六校聯合舉辦遊藝晚會。

11月25日，董事會發布〈麻坡中化中學董事會為呼吁家長送子女入華文中學肄業書〉保證保持中華文化傳統及以華文為主要教學媒介。

1968年

1月，新學年開學式，翟文智任校長。董事會總務佘鎮業致詞保證維持華文中學，絕無意圖變質。

攻擊學校及內容激進的匿名傳單持續在麻市及校園流傳。

3月30日，《中化校聞》創刊，主編為李雲溪。

7月1及2日，慶祝創校五十六周年舉行六校聯合運動會，學生表演花樣百出而整齊的千人韻律操。3日，一起學生衝突事件引發繼起的校園危機。12日，學生因不滿校方對衝突事件的處理發動集體怠課。

7月，麻市流傳對本校6名董事做人身攻擊的匿名函。20日，全國20所華文中學被指遭共產黨滲透。教育部長左哈里繼而在8月指出有4或5間位於新山、麻坡、居鑾、怡保及金寶的獨中或面臨被關閉。

8月18日，董事會針對攻擊董事之匿名函發文告澄清。

9月，發生學生互傳可疑書刊事件。

10月，發動全校學生簽名否認涉及印發煽動性文件，17名學生拒絕簽名。

11月建校委員會結束工作，流動資金交董事會管理。

11月9日凌晨，政治部扣留數名學生，上午又到校帶走2名學生。25日，副教長李孝友在芙蓉發表講話指麻坡某華文獨中學生在學校周圍張貼“顚覆性”標語，而校方未予處理，引起麻華社嘩然。

12月1日，董事會發文告對副教長毫無根據之言論表遺憾，並對李孝友提出6道質疑。4日，學校突然宣傳提前放假，原訂於6日及7日舉行的畢業典禮和展覽會亦取消。校門口有警察看守，學生被拒進入。12日，董事會再發文告促李孝友答覆董事會所提質疑。在7月間參與怠課的學生，扣除高三結業及悔過者，其餘者9人尚被扣留，另高初中共42人下學年不被準予入學就讀。

1969年

1月，學生人數僅851人，為具完整高中以來之最低。3日，被拒入學學生家長聯名致函董事會懇請解決子女入學事。

成立助學金委員會，獲李氏基金贊助，11名學生獲助學。

2月21及22日，首辦娛樂市籌募學校經費。